Podatnik zobowiązany jest do wystawiania faktur wewnętrznych. Dokumentują one takie czynności jak:
 1. wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów,
 2. import usług,
 3. przekazanie, przez podatnika, towarów należących do jego przedsiębiorstwa na cele inne niż związane z prowadzoną przez niego działalnością,
 4. wszelkie nieodpłatne świadczenia związane z prowadzeniem przedsiębiorstwa,
 5. zwrot kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze.

W module Finanse i księgowość, do pierwszych dwóch, wyżej wymienionych, czynności gospodarczych, użytkownik wystawia Fakturę wewnętrzną do zakupu. Znajduje się ona w menu głównym Dokumenty. Pozostałe operacje dokumentuje za pomocą faktur wewnętrznych, wchodząc w Dokumenty - Rejestracja sprzedaży - Dodaj - Wybór dokumentu - Dokument ze spisu - Faktura wewnętrzna .

Dodatkowe opcje w oknie oraz okno edycyjne są takie same jak w dokumencie zakupu:
Opis okna edycyjnego rejestracja sprzedaży, zakupu FK
 Opis opcji rejestracja zakupu FK
 Opis rozbudowanego okna